学科知识融合的复杂性
 
- 不同学科的知识体系、术语、研究方法差异大，强行融合可能导致逻辑断层。例如，生物与工程结合时，生物学的动态系统思维与工程学的标准化流程易产生冲突。
- 教师可能因自身学科背景局限，难以准确把握其他学科的核心要点，导致主题设计流于表面。
 
课程目标与评价的模糊性
 
- 跨学科主题常涉及多学科目标，易出现目标重叠或遗漏，如科学探究与人文素养目标难以量化平衡。
- 缺乏统一的评价标准，传统的分科考核方式无法全面衡量学生的综合能力，如项目式学习中协作能力的评估缺乏明确标尺。
 
教学资源与时间的限制
 
- 跨学科教学需要整合教材、实验设备、校外资源等，但学校资源分配常以学科为单位，跨学科资源获取困难。
- 主题设计需教师团队协作开发，但日常教学中教师备课时间紧张，跨学科教研难以常态化，如语文与历史教师共同设计“古代科技文献研读”主题时，协调课时安排较困难。
 
学生认知与能力的挑战
 
- 低年级学生知识储备不足，跨学科主题可能超出其认知负荷，如用数学模型分析生态问题时，学生可能因数学工具掌握不熟练而无法聚焦核心问题。
- 部分学生习惯分科学习模式，面对跨学科任务时缺乏整合思维，如在“城市交通优化”主题中，难以将物理（交通流量）与社会科学（人口分布）知识关联。
 
学校管理与制度的制约
 
- 传统学科教研组的设置不利于跨学科团队建设，教师跨组合作可能面临绩效考核、职称评定等制度性障碍。
- 课时安排固定化，跨学科主题所需的长周期项目（如持续数周的社会调研）难以融入常规课表，易被碎片化教学打断。